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COSA E' LA VITA ?

Last Update: 10/5/2013 11:40 AM
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10/5/2013 11:26 AM
 
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Di David L. Abel

Department of ProtoBioCybernetics and ProtoBioSemiotics, Origin of Life Science Foundation, Inc., 113-120 Hedgewood Drive, Greenbelt, MD 20770, USA

 

 La vita è fisicamente e chimicamente unica? No. La vita è unica? Sì. La vita manifesta innumerevoli formalismi che non possono essere generati o spiegati mediante la sola fisico-dinamica. La vita persegue migliaia di obiettivi biofunzionali, non ultimo dei quali è quello di rimanere in vita. Né la fisico-dinamica, né l’evoluzione, si pongono obiettivi. La vita è in gran parte orchestrata dalla programmazione digitale lineare e dall’informazione prescrittiva (Prescriptive Information, PI), che si concretizza in particolare in un sequenziamento nucleotidico non determinato dalla fisico-dinamica. I controlli epigenomici incrementano soltanto la raffinatezza di questi formalismi. La vita impiega la rappresentazione attraverso l’uso di sistemi simbolici.

La vita manifesta autonomia, omeostasi fuori dall’equilibrio nei più avversi degli ambienti, meccanismi di feedback positivi e negativi, prevenzione e correzione dei suoi stessi errori, e organizzazione dei componenti in sistemi funzionali stabili (SFS).

Il caso e la necessità – l’agitazione termica e il determinismo causa-effetto nella sistematicità della natura – non possono generare formalismi quali la matematica, il linguaggio, i sistemi simbolici, la codifica, la decodifica, la logica, l’organizzazione (da non confondere con il puro e semplice auto-ordinamento), l’integrazione dei circuiti, il successo computazionale e la ricerca della funzionalità. Tutte queste caratteristiche della vita sono di natura formale, non fisica.

 
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10/5/2013 11:27 AM
 
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1. Introduzione

È possibile trovare in letteratura molte pubblicazioni peer-reviewed in cui viene posta la domanda: “Che cos’è la vita?” Gli autori che hanno tentato di fornire una definizione hanno tipicamente sperimentato parecchia frustrazione. Nel 1996 Rizotti ha pubblicato un libro, “Defining Life: The Central Problem in Theoretical Biology(La definizione della vita: il problema centrale della biologia teorica)” [1], in cui ha raccolto e confrontato molti tentativi di definizione della vita tratti dalla letteratura. Nessuno di questi appariva accurato, conciso e adeguato.
La comunità dei ricercatori sull’origine della vita (International Society for the Study of the Origin of Life, ISSOL, oggi Astrobiology Society) è sempre stata fortemente interessata a definirla. La definizione di vita della NASA, di solito attribuita a Gerald Joyce dello Scripps Institute [2], afferma semplicemente che “La vita è un sistema autosufficiente capace di evoluzione darwiniana”. Tale descrizione, però, è penosamente ingenua, semplicistica e del tutto inadeguata per la ricerca biologica. Molti di coloro che hanno formalmente aderito a questa definizione della vita vi hanno successivamente aggiunto ulteriori requisiti; l’integrazione più comune è stata la richiesta di una membrana primitiva [3-15]. Molti altri ritengono che una forma minimale di vita indipendente debba manifestare anche un rozzo metabolismo omeostatico [16-21]. Altri pensano che sia essenziale un sistema ereditario di simboli che muti indipendentemente dalla sua realizzazione fenotipica (necessario per l’evoluzione “aperta” [22-30]). Molti altri, infine, sostengono la realtà e la necessità non solo dell’incertezza di Shannon, ma anche di istruzioni genetiche ed epigenetiche positive letterali [25,31-46]. Greisemer ([47], p. 35) sottolinea che le modifiche epigenetiche al materiale genetico contano tutte come cambiamenti ereditari in senso lato [48,49].

A dire il vero, la definizione di Joyce non fu mai concepita perché diventasse empiricamente responsabile della descrizione di tutto ciò che si osserva della vita odierna. È stata studiata, invece, per far sì che apparissero più plausibili i nostri modelli naturalistici sull’origine della vita. Purtroppo, buttar giù una definizione di vita allo scopo di “far funzionare” le nostre teorie sulla sua origine ha poco a che vedere con il tentativo di svelare che cosa sia oggettivamente la vita.
Nel 2000, fu convocata una conferenza internazionale di docenti universitarinel tentativo di decidere collegialmente “Che cosa è la vita.” [50] Ogni partecipante fu invitato a proporre in anticipo una definizione di vita. Ad ogni oratore (uno dei quali ero io) fu richiesto di affrontare la questione. Non si trovarono due definizioni di vita identiche. Nell’antologia che venne tratta dai lavori della conferenza, “Fundamentals of Life (I fondamenti della vita)” [51], il concorso di idee andava avanti senza una chiara risoluzione di ciò che costituisse la vita da un punto di vista prettamente scientifico. Quella volta, però, fu interessante che tutte le definizioni presentate potessero essere suddivise in due sottoinsiemi: il primo sottoinsieme conteneva la notevole definizione del biofisico Hubert P. Yockey; il secondo quelle di tutti gli altri! Yockey fece l’incomparabile osservazione che “non vi è nulla nel mondo fisico-chimico (a parte la vita) che assomigli lontanamente a reazioni determinate da una sequenza e da codici tra sequenze. L’esistenza di un genoma e del codice genetico separa gli organismi viventi dalla materia non vivente” [52,53].
Yockey [54-59] fu tra i primi a comprendere la natura digitale lineare del controllo genetico. Molti altri hanno apprezzato il fatto che la vita è in qualche modo un fenomeno speciale, ma non sono riusciti a indicare con certezza in cosa consista esattamente la sua specificità. Ernst Mayr [60,61] sosteneva che la fisica e la chimica non spiegano la vitaMonod [62] e Bohr [63] affermarono la stessa cosa. Bohr osservò che “la vita è coerente con la fisica e chimica, ma è indecidibile da esse”. Küppers concordava su ciò [64].

Mark Bedau richiama l’attenzione sul modello di origine della vita [65] dettoProgramma-Metabolismo-Contenitore (PMC). Questo approccio tenta di ridurre la vita ad una triade funzionalmente integrata di sistemi chimici. Il modello, purtroppo, non riesce a riconoscere il carattere formale del “Programma” nella triade, in particolare che sistemi simbolici arbitrari, come la tabella dei codoni, vengano usati per rappresentare istruzioni e controlli. Quando parliamo di sistemi simbolici arbitrari non intendiamo dire che sono casuali, ma piuttosto che si tratta di attribuzioni fisico-dinamicamente indeterminate che possono essere considerate solo formali, piuttosto che fisico-chimicamente causate. Oltre alla tabella dei codoni, moltissimi differenti sistemi simbolici sono impiegati dalla vita, come Barbieri e vari altri bio-semiologi hanno evidenziato in diverse pubblicazioni [40,66-77]. Donald E. Johnson affronta il problema di quale potrebbe essere stato un genoma minimo nella prima protocellula [78].
Nel nuovo millennio, la dicotomia vita-non vita è diventata molto più specifica e chiara, in seguito alla comparsa della relativamente nuova disciplina scientifica nota come proto-bio-cibernetica [79-81]. La cibernetica studia il “controllo”. Il prefisso “proto-bio” si riferisce alla “’vita’ primordiale”. La distinzione più importante è la capacità della “vita” di esercitare un controllo organizzativo e pragmatico formale (non fisico) sulle sue interazioni, che peraltro sono fisiche (ad esempio, reazioni chimiche, associazioni molecolari, attrazione/repulsione elettrostatica; tendenze idrofile/idrofobe, transizioni di fase; incertezza quantistica e “entanglement” di informazione) [82-84]. I controlli formali sono riconducibili specificatamente ad informazione prescrittiva (Prescriptive Information, PI) [79-82,85,86] e alla sua elaborazione algoritmica, attentamente regolata. Più di ogni altra cosa, la capacità di organizzare, regolare e gestire olisticamente la fisico-dinamica in uno schema formale meta-metabolico che valorizza e persegue l’obiettivo di rimanere vivente è ciò che definisce l’unicità della vita [87,88].
Carol Cleland dell’Università del Colorado mette in guardia contro l’incessante ricerca di una definizione della vita [89], sottolineando i limiti del linguaggio. È cruciale, in ogni tentativo di definire la vita, anche l’influenza delle nostre precedenti convinzioni (metafisiche), che  presupponiamo e che portiamo con noi nella scienza. Questi presupposti filosofici danno una colorazione a quanto siamo disposti a riconoscere dell’organizzazione formale e dei controlli nella biologia molecolare che ripetutamente osserviamo.

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10/5/2013 11:28 AM
 
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“Che cosa c’è di unico nella vita?”

  • Quali sono alcuni dei criteri che permettono di distinguere la vita dalla non-vita?
  • Può la vita generarsi spontaneamente mediante le sole interazioni fisico-dinamiche?
  • La nostra intelligenza sarà mai in grado di costruire artificialmente la vita a partire da componenti chimici inanimati?
  • Che cosa vuol dire esattamente morire?

 

2. Il più semplice organismo vivente autonomo conosciuto

Il riduzionismo ha servito bene la scienza. In biologia, tuttavia, la vivisezione di una cellula può facilmente distruggerne proprio quella vita cellulare olistica che ci proponevamo di indagare [41,90-94].
Tibor Ganti, un eminente teorico dell’origine della vita, sostiene: “Le unità di base della biologia teorica vanno ricercate a livello organizzativo dei procarioti.” ([47], p. 62). I più semplici procarioti conosciuti sono i micoplasmi e i termoplasmi.Carsonella ruddii non è capace di vita indipendente. Il più semplice organismo in grado di replicarsi autonomamente, Mycoplasma genitalium, ha un genoma da 580 kBP [1 kBP = 1000 paia di basi, base-pair; N.d.T.] contenente 470 geni [95]. Pochi di questi geni sembrano codificare per regolatori di trascrizione convenzionali [94,96-103]. Oggi esistono le prove che le variazioni nel super-avvolgimento del DNA possono regolare la trascrizione in Mycoplamsa genitalium [95]. Il numero di strati interagenti formalmente integrati, e le dimensioni dell’informazione prescrittiva della vita (PI) [42,79-83,85,86,104], anche nei più semplici organismi viventi autonomi conosciuti, sono semplicemente da capogiro.

 

3. Le caratteristiche invarianti della vita

Forse un buon punto di partenza è un elenco descrittivo delle caratteristiche invarianti della vita nei viventi autonomi. La “vita” stabile tipica degli organismi indipendenti è un sistema che, a partire da una sua serie intrinseca di istruzioni biologiche e dall’elaborazione algoritmica di quell’informazione prescrittiva (PI), è in grado di eseguire tutte e nove le seguenti funzioni biologiche (riprodotto con il permesso [105]):

(1) differenziarsi dall’ambiente circostante tramite la produzione e la conservazione dell’equivalente di una membrana. Secondo le teorie sulla vita primordiale, tale equivalente di membrana era molto probabilmente una membrana rudimentale o una membrana di trasporto quasi-attivo, necessaria per l’assorbimento selettivo delle sostanze nutritive e l’escrezione dei rifiuti, oltre che per superare i gradienti osmotici e tossici;
(2) trascrivere, archiviare e trasmettere alla progenie l’informazione prescrittiva (PI) necessaria per l’organizzazione (istruzioni, sia genetiche, sia epigenetiche/epigenomiche); fornire istruzioni per ricavare l’energia e per la necessaria produzione e funzione dei metaboliti; codificare simbolicamente e comunicare il messaggio funzionale attraverso un canale di trasmissione a un meccanismo di ricezione/decodifica/indirizzamento/attuazione; integrare il tempo passato, presente e futuro nel contenuto biologico della sua PI (in termini di istruzioni) (le istruzioni della PI possono essere implementate ora o in qualsiasi momento nel futuro. Inoltre, secondo la teoria dell’evoluzione, tali istruzioni rappresentano una storia prolungata di derivazione e precedente controllo. La PI è quindi in gran parte indipendente dal tempo, un aspetto questo che rivela chiaramente la sua essenza formale piuttosto che fisica);
(3) riuscire a tradurre le suddette istruzioni operative nella produzione o acquisizione di catalizzatori, coenzimi, cofattori, ecc. reali; orchestrare fisicamente i processi biochimici/cammini metabolici concreti; produrre e mantenere l’architettura cellulare fisica; formare e gestire un sistema semiotico che usa “molecole segnale”;
(4) catturare, trasdurre, accumulare e richiamare energia per ogni utilizzo (lavoro utile e intuitivo);
(5) auto-replicarsi attivamente e alla fine riprodursi, non solo polimerizzarsi o cristallizzarsi passivamente; trasmettere alla progenie l’apparato e il “know-how” per il metabolismo omeostatico e la riproduzione;
(6) auto-monitorare e riparare la sua matrice fisica di conservazione/trasmissione delle bio‑istruzioni e dell’architettura, che si deteriorano costantemente;
(7) svilupparsi e crescere da uno stadio immaturo alla maturità riproduttiva;
(8) reagire in modo produttivo agli stimoli ambientali. Rispondere in maniera efficace, ovvero in un modo che sia di sostegno alla sopravvivenza, allo sviluppo, alla crescita e alla riproduzione, e
(9) possedere abbastanza stabilità genetica relativa, ma anche sufficiente variabilità e varietà, per consentire l’adattamento e la potenziale evoluzione.
Ogni classe di archaea, eubatteri ed eucarioti capaci di vita autonoma verifica tutti e nove i suddetti criteri. Si elimini uno qualsiasi dei nove requisiti di cui sopra, e resta da dimostrare che tale sistema possa rimanere “vivo”. Filamenti di RNA, filamenti di DNA, prioni, viroidi e virus non sono organismi autonomamente viventi. Essi non riescono a soddisfare molte delle precedenti ben note caratteristiche della “vita” indipendente.

Perfino nelle scienze storiche e teoriche  deve esistere un certo grado di garanzia empirica per le nostre teorie. I modelli dell’origine della vita non devono consistere nel “buttare giù una definizione” del significato e dell’essenza del fenomeno osservabile “vita” in modo da includere la “non-vita”, allo scopo di far “funzionare” le nostre teorie. Ogni teoria scientifica sulle origini della vita deve confrontarsi con la “vita” così come la osserviamo (il “principio di continuità”). La scienza non potrà mai abbandonare le sue radici empiriche in favore di congetture puramente teoriche. D’altro canto, la scienza deve guardarsi costantemente dall’inerzia del vecchio paradigma kuhniano. Dobbiamo essere aperti alla possibilità che la vita non abbia sempre assunto la forma che osserviamo oggi. In aggiunta a ciò, dobbiamo tenere conto dei problemi impliciti in ogni scienza storica, in cui l’osservazione delle realtà del passato è impossibile.

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10/5/2013 11:29 AM
 
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4. La vita è formalmente controllata, non solo vincolata in senso fisico-dinamico

Non si dovrebbero mai confondere vincoli e controlli [106]. I vincoli sono costituiti dalle condizioni iniziali, dalle condizioni al contorno e dalla sistematicità normativa della natura stessa. I controlli sono sempre formali. I controlli governano gli eventi guidandoli verso la funzione potenziale e l’effettiva organizzazione (non tanto l’auto-ordinamento a basso contenuto informativo) [107].
Nessun termine relativo alla ricerca biologica ha dominato la scena negli ultimi cinque anni più della parola “regolazione”. Tutta la vita conosciuta è cibernetica. “Cibernetica” vuol dire governata, controllata e/o regolata con uno scopo intenzionale. Ciò che le scienze naturalistiche dell’origine della vita non sono mai riuscite a spiegare è come una fisico-chimica inanimata abbia potuto formalmente integrare componenti e circuiti in tale organizzazione olistica. Le reazioni sono guidate lungo vie e cicli in meta-sistemi funzionali, astratti e altamente concettuali. Una componentistica sofisticata è prodotta e assemblata in macchine molecolari e nano-computer [108] che cooperano tutti per raggiungere obiettivi di norma considerati come formalmente trascendenti le semplici interazioni fisiche. La vita è un’impresa programmata e pragmatica. I semplici vincoli fisico-dinamici non hanno motivazioni; non hanno agende formali; non perseguono il successo funzionale.
La programmazione richiede di compiere scelte formali in corrispondenza di nodi decisionali. Tali decisioni possono essere rappresentate da simboli (per esempio 0/1 per rappresentare una scelta binaria; o A, G, T o C per rappresentare una scelta quaternaria d-bit {dual-bit}). I simboli possono rappresentare veicoli simbolici fisici (tessere come i pezzi dello “Scarabeo” o nucleotidi). La programmazione dei computer riguarda la creazione di costrutti semantici che possono essere tradotti/compilati per girare su un dato sistema computazionale; il sistema potrebbe essere tanto facilmente quaternario quanto binario, come nel caso delle istruzioni biofunzionali in base quattro del DNA.

La maggior parte dei controlli formali della vita è rappresentata da un sistema simbolico materiale (Material Symbol System, MSS) digitale lineare [25, 83, 85, 106]. Il termine MSS è stato usato per la prima volta da Rocha nella sua tesi di Dottorato [25,109]. I segni e i simboli registrati, situati al di fuori della mente umana, sono entità fisiche rappresentative definite “veicoli simbolici fisici”  (token [gettoni, N.d.T.]). Qualsiasi sistema di comunicazione che utilizzi questi veicoli simbolici fisici è un sistema simbolico materiale. La domanda incalzante diventa: “Come può un veicolo simbolico fisico, o la sintassi di tali veicoli simbolici fisici in un MSS, rappresentare le istruzioni in un mondo puramente materialistico?” [110-114] Né le istruzioni né loro rappresentazione mediante simboli possono essere generati per caso e/o necessità. Sono solo i formalismi concettuali astratti, non gli aspetti fisici, che ci consentono di affrontare tali questioni.

Il problema del formalismo comprende il problema della misura non solo in fisica quantistica, ma anche in fisica newtoniana. Come ha osservato in molte sue pubblicazioni il fisico Howard Pattee, le misure delle condizioni iniziali usate nelle leggi della fisica sono rappresentazioni formali (simboli matematici) del dominio fisico, non il dominio fisico in sé [113]. Lo stesso vale per le leggi della fisica, che sono costrutti matematici. Il sistema di credenze puramente metafisico noto come materialismo – su cui il naturalismo è in gran parte basato – non può spiegare l’esistenza o il ruolo di tali formalismi. Il linguaggio, la logica, il calcolo e la programmazione informatica sono tutti formalismi. Anche la scienza, un sistema epistemologico (di conoscenza) mentale, è di per sé un’attività unicamente formale. La neurofisiologia non ha avuto molto successo nel cercare di ridurre i formalismi della coscienza alla sola dimensione fisica. Chiaramente, le proprietà osservate della vita a tutti i livelli richiedono il riconoscimento di controlli formali che non possono essere spiegati mediante il caso e/o la necessità.
La vita adopera veicoli simbolici fisici molecolari (con token come, per esempio, i nucleotidi) per “parlare” e inviare messaggi  significativi (biofunzionali) all’interno della cellula, tra le cellule, e tra sistemi organici. Questi token sono selezionati all’interno di un alfabeto di token. Potremmo semplicisticamente affermare che l’alfabeto consiste di quattro possibilità. Nella realtà biochimica, l’alfabeto è composto da ben più di quattro opzioni. Esistono nucleotidi diversi da adenina, guanina, timina e citosina che potrebbero essere polimerizzati (ad esempio, pseudouridina, diidrouridina, inosina, 7-metilguanosina, ipoxantina, xantina, 2,6-diaminopurina, 6,8-diaminopurina). Esistono nucleotidi con zuccheri sinistrorsi che avrebbero potuto essere polimerizzati in un ambiente prebiotico. L’esclusione di opzioni diverse da quella delle quattro grandi basi azotate di DNA o RNA è di per sé un aspetto dei meccanismi di controllo formale della vita. Le metilazioni ereditarie della citosina e, occasionalmente, dell’adenosina già da sole estendono probabilmente il sistema simbolico materiale dalla base quattro alla base cinque. Tuttavia, la polimerizzazione di ogni nucleotide non codificato in un filamento di DNA a informazione positiva rappresenta semplicemente una scelta pratica di programmazione quaternaria. Ogni polimerizzazione costituisce una scelta in un nodo decisionale quaternario. È una porta logica dual-bit. Una polimerizzazione nucleotidica può anche servire come impostazione di un commutatore configurabile che serve a integrare circuiti. Queste realtà di programmazione sono in ultima analisi formali, non fisiche, sebbene vengano usati veicoli simbolici fisici  nel sistema simbolico (un MSS). I sistemi simbolici sono caratteristici della vita; altrettanto lo sono le istruzioni lineari digitali e l’informazione prescrittiva (Prescriptive Information, PI). I microRNA regolatori non codificanti, l’editing [ovvero la funzione correttiva, N.d.T] dell’mRNA, le correzioni post-traduttive, la metilazione del DNA e altri controlli epigenetici dimostrano l’esistenza di ulteriori innegabili formalismi.

 

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10/5/2013 11:30 AM
 
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5. La vita è in gran parte “calcolata” mediante l’elaborazione algoritmica della programmazione digitale lineare

Il termine “lineare” si riferisce ad una successione uni-dimensionale di caratteri rappresentativi di comando posti in sequenza. La più semplice programmazione informatica, per esempio, è guidata da una sequenza digitale lineare di questo tipo, costituita da istruzioni significative a scelta binaria rappresentate da un “1” o da uno “0”. La sequenza o sintassi di queste istruzioni, che dipendono da scelte contingenti, fornisce una gerarchia crescente di funzionalità computazionale.
“Digitale” significa che ogni unità è discreta e definita. Le scelte di programmazione obbediscono al principio logico del “terzo escluso”. I commutatori devono essere accesi o spenti. Non esiste una via di mezzo; vi è precisione e chiarezza in ogni istruzione scelta. Non esiste una zona grigia; ogni selezione è nera o bianca.

Sono stati proposti genomi tridimensionali negli studi teorici sulla proto-vita(ad esempio, geni cristallini [115] e “composomi” [7,116-118]). Nessuno di questi modelli, tuttavia, se l’è cavata bene nel corso del tempo. Tutta la vita conosciuta dipende dall’informazione prescrittiva digitale lineare e dalla programmazione cibernetica. Perfino la maggior parte dei fattori epigenetici riceve le istruzioni ed è “assemblata” attraverso meccanismi di trascrizione, correzione e traduzione.
Il posto per cominciare a comprendere il fenomeno della prescrizione digitale lineare è uno studio dei tre diversi tipi di complessità sequenziale [42,83,119]. La complessità lineare biologicamente funzionale appartiene al sottoinsieme dellaComplessità Sequenziale Funzionale (Functional Sequence Complexity, FSC), non della Complessità Sequenziale Ordinata (Ordered Sequence Complexity,OSC) o della Complessità Sequenziale Casuale (Random Sequence Complexity, RSC) [42]. La Complessità Sequenziale Funzionale (FSC) è una sequenza lineare di monomeri o unità composite che svolgono collettivamente qualche funzione non banale. L’evidenza empirica della formazione puramente spontanea di tali sequenze, soprattutto quando sono coinvolti più di 10 loci, è gravemente carente. Ordinariamente, la FSC ha origine in associazione con la PI come sistema simbolico materiale. La FSC è di solito una sequenza cibernetica lineare digitale di token che rappresentano le istruzioni sintattiche, semantiche e pragmatiche.

Ogni segno successivo nella sequenza è la rappresentazione di una selezione funzionale specifica ad un nodo decisionale. Ciò si può ottenere mediante la selezione di un token in un sistema simbolico materiale, oppure mediante l’impostazione di una serie di commutatori configurabili (per esempio “dip switch”). La FSC è una successione di scelte algoritmiche che conducono alla funzione. La selezione, la specificazione, o il significato di certe “scelte” in sequenze di FSC risulta solo da una selezione non casuale. Queste selezioni a nodi decisionali successivi non possono essere forzate dalla necessità deterministica di causa-effetto. Se lo fossero, quasi tutte le selezioni ai nodi decisionali sarebbero le stesse. Sarebbero altamente ordinate (OSC). Inoltre, le selezioni non possono essere casuali (RSC). Nessuno è mai riuscito a scrivere un programma sofisticato attraverso una serie di lanci di una moneta, assegnando il valore “1” alla testa e “0” alla croce.

La FSC può essere misurata in “Fits” [119-121]. La variazione della FSC può essere quantificata durante l’evoluzione sia degli acidi nucleici sia delle proteine [120]. L’informazione prescrittiva (PI) formale, che non è fisica, è spesso implementata (registrata) nella FSC, che è fisica. La sintassi delle selezioni dei token(nucleotidi), per esempio, funziona in modo analogo alla selezione della sintassi delle tessere nel gioco dello “Scarabeo” per scrivere le parole, se non fosse per il fatto che la sintassi dei nucleotidi fornisce dimensioni aggiuntive alla PI oltre alla direttiva digitale lineare, puramente rappresentativa, che utilizza simboli linguistici. Anche l’estesa attività di correzione post-trascrittiva e post-traduttiva aggiunge ulteriori dimensioni. Resta il fatto, comunque, che la vita dipende da istruzioni e meccanismi di controllo. Tali istruzioni (PI) sono implementate in gran parte in sequenze nucleotidiche (token). La vita dipende interamente da un sistema simbolico materiale formale. Sebbene i token (i nucleotidi) siano oggetti fisici (come i blocchetti dello “Scarabeo”), la loro fisicità non è un problema, almeno non quando si tratta della funzionalità della sintassi dei codoni. La tabella dei codoni è formale, non fisica.
La cibernetica genetica ha ispirato lo sviluppo dell’informatica da parte di Turing,von Neumann e Wiener [122-128]. La natura discreta dei geni, la loro ricchezza di risorse, e la natura digitale lineare della loro sequenza “su” cromosomi analoghi a un nastro di Turing sono tutte cose che erano state considerate e meditate a lungo prima che Watson e Crick pubblicassero nel 1953 i dettagli dell’esatta struttura chimica del DNA. Turing fu ispirato non solo dal lavoro di Gregor Mendel del 1866, ma anche dall’enfasi posta da Darwin nel 1859 sulla differenza tra genotipo e fenotipo. Turing ammirava la capacità di mutare del genotipo, in un certo senso indipendente dal fenotipo, che rendeva possibile l’evoluzione. Anche Church, che fu l’insegnante di Turing, ammirava questi aspetti della vita, tanto quanto apprezzava l’elaborazione formalmente algoritmica del genotipo, che di per sé rendeva possibile il controllo genetico dell’espressione fenotipica.
La cibernetica genomica ed epigenomica non può essere spiegata tramite modelli che diano metafisicamente per scontata l’autosufficienza delle interazioni di massa-energia e il caso e la necessità della sola fisico-dinamica.

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10/5/2013 11:31 AM
 
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I controlli algoritmici genetici e genomici sono fondamentalmente formali, non fisici. Come altri formalismi, possono essere sostanziati in un mezzo fisico di conservazione e trasmissione canalizzata utilizzando un sistema simbolico materiale o commutatori configurabili dinamicamente inerti.

David D’Onofrio [129], Donald Johnson [108], M.Conrad [130], Wang [131],Ramakrishnan e Bhalla [132], Yaakov Benenson [133,134] e molti altri hanno confrontato i sistemi cibernetici artificiali con la cibernetica della vita. Ramakrishnan e Bhalla affermano: “Proprio come i circuiti elettronici complessi sono costituiti da semplici porte logiche booleane, svariate funzioni biologiche, tra cui la trasduzione dei segnali, la differenziazione e la risposta allo stress, spesso usano commutatori biochimici come modulo funzionale.” [132]

In senso vago, si afferma che i “bit” d’informazione nei programmi informatici rappresentano specifici compiti integrati di scelta binaria, svolti intenzionalmente in una successione di nodi decisionali algoritmici. Tecnicamente, un processo algoritmico del genere non può essere misurato in alcun modo mediante bit (–log2P), se non nel senso dell’ingegneria delle trasmissioni. Shannon [135,136] era interessato allo spazio dei segnali, non a messaggi particolari. La matematica di Shannon si occupa solo di combinazioni probabilistiche medie; la FSCrichiede la specificazione di quali sequenze siano impegnate nello svolgimento di una determinata funzione.


I bit in un programma informatico misurano solo il numero di possibilità di scelta binariaessi non misurano né indicano quali specifiche scelte vengono fatte. Elencare le scelte specifiche funzionanti è l’essenza stessa dell’acquisizione di informazioni (in senso intuitivo). Quando acquistiamo un programma informatico, paghiamo le sequenze dei compiti integrati specifici di scelta ai nodi decisionali che ci aspettiamo lavorino per noi. L’essenza delle istruzioni è l’elencazione della sequenza di scelte particolari. Questa necessità definisce il vero obiettivo dei progetti di analisi del genoma.
La vita dipende da algoritmi genetici oggettivi letterali. Gli algoritmi sono processi o procedure che producono un certo risultato richiesto, che si tratti di un calcolo o dei prodotti di vie biochimiche. Processi o procedure dipendono da sequenze di scelte nei nodi decisionali che sono tutt’altro che casuali; per di più, esse non sono “auto-ordinate” da una necessità ridondante di causa-effetto. Ogni successivo nucleotide è un’“impostazione di commutazione” quaternaria. Molte selezioni nucleotidiche nella sequenza non sono critiche; ma quelle “impostazioni di commutazione” che determinano un certo ripiegamento delle proteine sono, in particolare, altamente “significative”. Successioni di commutatori impostate in modo funzionale sono prodotte solo da una pressione selettiva non forzata. Nei processi vitali vi è un aspetto cibernetico che è l’analogo diretto di quello della programmazione informatica. Si dovrebbe porgere maggiore attenzione alla realtà e ai meccanismi di selezione degli algoritmi biologici a livello di nodo decisionale, che è il livello del legame covalente nella struttura primaria. La selezione ambientale si verifica a livello dell’arresto post-computazionale: viene selezionato il fenotipo più adatto precedentemente elaborato.

 

6. La vita riceve istruzioni ed è controllata dall’informazione prescrittiva (PI)

L’informazione prescrittiva (PI) è un sottoinsieme dell’informazione intuitiva o semantica (dotata di significato). L’informazione semantica trasmette messaggi significativi e funzionali da una sorgente a una destinazione (semiosi). “Significativo” implica che il messaggio può essere compreso e messo in atto da un agente ricevitore situato nella destinazione, in fondo a un canale di Shannon.
Adami giustamente sostiene che l’informazione deve sempre riguardare qualcosa [137]. L’“intenzionalità [aboutness, N.d.T.]” è un oggetto di dibattito comune quando si cerca di spiegare cosa rende intuitiva l’informazione [138,139].
Tuttavia, l’intenzionalità è sempre astratta, concettuale e formale; gli sforzi compiuti per definirla in termini puramente fisici hanno frustrato i bio-informatici per decenni [31-34]. La difficoltà di definire e comprendere l’informazione semantica è particolarmente acuta nella genetica [108,140]. Oyamaindica i molti problemi sorti nel tentativo di mettere in relazione l’informazione semantica con la biologia cellulare [141]. Alcuni ricercatori cercano di negare che i geni contengano informazioni significative e vere istruzioni [142-149]. I loro argomenti mettono a dura prova la loro credibilità.
L’informazione semantica, intuitiva, si definisce in biologia informazione funzionale (Functional Information, FI) [150-152]. La FI ha tecnicamente due sottoinsiemi: descrittiva (DI) e prescrittiva (PI) [79]. Purtroppo, molti teorici dell’informazione semantica commettono l’errore di pensare all’informazione funzionale esclusivamente in termini di epistemologia umana, e in particolare di descrizione (DI). Ciò in effetti limita il significato di “funzione”. La DI offre agli esseri umani una valida conoscenza di senso comune circa il modo in cui le cose già sono. Si può affermare che la stessa esistenza rappresenti una forma di funzione. Questo sottoinsieme dell’informazione intuitiva e semantica, tuttavia, sebbene altamente funzionale, è molto limitata e grossolanamente inadeguata per affrontare molte forme di istruzione e controllo.

L’informazione prescrittiva (PI) fa molto di più che descrivere. Solo la PI procura l’informazione su “come fare”. La PI istruisce, guida e controlla. Possiamo descrivere  accuratamente una nuova Mercedes, fornendo nel processo una gran quantità di DI. Questa DI funzionale, tuttavia, non ci direbbe quasi nulla su come progettare e realizzare quella Mercedes. Il termine “informazione funzionale”, così come è usato nella letteratura biologica naturalistica peer-reviewed dal premio Nobel Jack Szostak et al. nel 2003 [150-152], può essere un descrittore del tutto inadeguato dell’informazione su “come fare”, se mancano le istruzioni necessarie per organizzare e programmare operazioni utili sofisticate. La funzione formalepotenziale deve essere disposta in anticipo dall’informazione prescrittiva (PI) tramite la programmazione dei nodi decisionali, non semplicemente descritta a fatto compiuto. Come suggerisce il nome, la PI concepisce e prescrive in modo specifico le operazioni utili.
La PI programma il successo computazionale in anticipo rispetto all’arresto.Se è vero che l’arresto deve essere verificato empiricamente (problema dell’arresto [122,153]), il successo computazionale deve pur sempre essere prescritto prima della sua realizzazione. La pressione selettiva non può farlo (principio GS; vedere la Sezione 12). La PI ci dice quali sono le scelte da fare, oppure registra scelte sagge già fatte [104]. Quando installiamo del software sul nostro computer, stiamo installando PI. Eppure la PI non è limitata alle sole istruzioni; essa può anche generare indirettamente successo computazionale non banale e funzione cibernetica congiuntamente all’elaborazione algoritmica esterna. La PI può essere contenuta nel flusso di dati e nelle istruzioni di elaborazione.
La PI può svolgere “lavoro formale, non fisico”; essa scaturisce da opportuni compiti di scelta fatti in corrispondenza di concreti nodi decisionali. La PI che produce lavoro formale, poi, può essere sostanziata nella realtà materiale per convogliare lavoro fisico dal lavoro formale non fisico [85,88].
La programmazione cibernetica è solo una delle tante forme di PI. Lo stesso linguaggio ordinario, i vari sistemi simbolici per la comunicazione, la logica, la matematica, le regole di ogni genere, e tutti i tipi di algoritmi di controllo e di calcolo sono forme di PI.
L’evidenza empirica che la PI possa nascere spontaneamente dalla natura inanimata è gravemente carente [107.154]. Né il caso né la necessità hanno dimostrato di generare PI non banale [41,42,85,92,104,106,107,154-156]. È la contingenza di scelta, non la contingenza casuale o la legge, a determinare una funzione non banale. La contingenza di scelta è una forma di determinismo. Il determinismo non si limita alla fisico-dinamica; la contingenza di scelta, quando è sostanziata nella realtà materiale, può diventare una vera causa di effetti fisici.

La selezione di particolari sequenze di simboli (sintassi) deve seguire regole arbitrarie imposte. Soltanto quando queste regole sono seguite sia da chi trasmette, sia da chi riceve, un messaggio significativo/funzionale può essere inviato con successo alla sua destinazione (semiosi) [108]. Un messaggio senza senso (ciò che è di per sé un’espressione auto-contraddittoria, priva di significato) non porterebbe a termine alcun obiettivo e non fornirebbe alcuna funzionalità. Non si qualificherebbe perciò, per definizione, come un “messaggio”; in effetti non sarebbe niente altro che un segnale. I segnali non sono necessariamente messaggi: il segnale di una pulsar che si ripete costantemente non è un messaggio significativo, e quindi non è per niente un messaggio. Eppure il segnale di una pulsar è altamente ordinato e strutturato.
I non specialisti in biocibernetica e biosemiotica commettono comunemente l’errore di provare a definire i messaggi in termini di “ordine” o “struttura”. Le strutture prodotte nella sabbia dall’azione delle onde del mare, per esempio, non trasmettono alcun messaggio significativo e non implicano alcuna programmazione cibernetica. Né l’ordine né la struttura sono la chiave del significato, della regolazione, del controllo o della funzione; invece la selezione della funzione potenziale ai concreti nodi decisionali e alle porte logiche lo è. Per calcolare e organizzare il metabolismo e la vita è necessario ricorrere a una PI più concettualmente complessa di quanta ne occorra per generare i nostri sistemi informatici più avanzati. La vita è il più sofisticato di tutti i meta-sistemi integrati.

La PI è molto più dell’informazione semantica intuitiva. La PI richiede anticipazione, “scelta intenzionale”, e la ricerca diligente della “causa finale” di Aristotele nella successione degli effettivi nodi decisionali. La PI istruisce o produce direttamente funzione formale in corrispondenza della destinazione attraverso l’uso di controlli, non semplici vincoli [85,86]. Ancora una volta, o la PI ci dice quali sono le scelte da fare, o registra scelte sagge fatte in precedenza.

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10/5/2013 11:35 AM
 
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7. Gli strati e le dimensioni della PI formale biologica continuano a crescere

Gli strati della PI biologica continuano a crescere. La trascrizione “contro-senso” avviene regolarmente [157-163]: il DNA viene letto in entrambe le direzioni. Spesso tratti di RNA regolatore vengono trascritti a partire dal filamento negativo “contro-senso” che si dipana dal filamento di senso positivo di DNA che contiene le istruzioni per le proteine [157,164,165]. Nel DNA, le istruzioni digitali lineari sono bidirezionali. Perciò, il filamento cosiddetto “contro-senso” è dotato di senso e significato. I geni si sovrappongono [157,166-168].

La natura efficace della distribuzione dei geni, nella misura in cui si riferisce alla funzione collettiva, è un’altra forma di PI. L’avvolgimento della cromatina e il suo ruolo nella regolazione, in modo particolare nei procarioti più semplici, è una forma di PI [95,168-170]. Filamenti complementari possono contenere le istruzioni relative a funzioni completamente diverse, talvolta l’uno regolando la funzione di codifica dell’altro. Proteine differenti sono prodotte da un solo gene. Singole proteine vengono determinate da sezioni provenienti da più geni. Siti di inizio della trascrizione (Transcription Start Sites, TSS), divergenti e ampiamente diffusi, si incontrano in corrispondenza dei promotori genetici della codifica proteica. I complessi multi-proteina sono di gran lunga più diffusi e cruciali del previsto. La presunta “spazzatura” determina più bio-funzione dei segmenti codificanti. L’ampiezza e il genere di editing, perfino le correzioni post-traduttive, sono sbalorditivi. Codici a blocchi di Hamming per la riduzione del rumore e bit di parità prevengono gli errori di codifica. Esistono meccanismi di riparazione straordinari che lavorano ininterrottamente come sistemi di salvataggio per impedire la degradazione di innumerevoli messaggi digitali lineari. Controlli di suicidio (apoptosi) difendono il bene più grande. Il sistema immunitario, l’unico sistema che ha bisogno della variazione stocastica per la protezione contro gli antigeni nuovi e inaspettati, si trova proprio ad esserne dotato – invece di essere programmato nel modo rigido da cui dipende la maggior parte degli altri sistemi biologici. La conformazione tridimensionale è molto più liquida del previsto, per validi motivi. Le istruzioni imposte dal DNA sono dinamiche, non statiche. La variazione dinamica nella struttura di avvolgimento fa sì che la stessa struttura primaria possa determinare funzioni ampiamente varianti.

Tutta questa complessità concettuale non limita l’importanza della programmazione digitale lineare; si aggiunge semplicemente alla raffinatezza e alle dimensioni della PI complessiva del sistema. Il micro-RNA e le serie di proteine regolatrici devono pur sempre essere prescritte da scelte digitali lineari discrete di nucleotidi specifici nelle loro regioni critiche. È vero, molte regioni non sono cruciali per una particolare proteina. Ciò nonostante, a causa delle sovrapposizioni geniche e della natura multidimensionale della bio‑istruzione, il sequenziamento di sezioni che può essere irrilevante per una data proteina può, viceversa, essere altamente rilevante per altre proteine trascritte dallo stesso gene.

 

8. La vita si prefigge finalità biofunzionali, e le consegue

Tutta la vita conosciuta è cibernetica [171-174]. Ciò significa che l’integrazione e la regolazione delle vie e dei cicli biochimici nel metabolismo omeostatico sono controllate mediante programmazione, non solo vincolate in senso fisico-dinamico. La vita attraversa il “taglio cibernetico” [Cybernetic Cut, N.d.T.] [156] valicando un ponte a commutatore configurabile (Configurable Switch BridgeCS Bridge) a senso unico [156]. Questo ponte sormonta un grande abisso. Da una parte si trovano tutti quei fenomeni che possono essere spiegati dalla sola fisico-dinamica; dall’altra ci sono quei fenomeni che si possono spiegare solo mediante la selezione delle funzioni potenziali (non ancora esistenti). Il traffico su questo ponte scorre solo dal mondo non fisico del formalismo verso il mondo fisico, mediante l’attuazione di scelte intenzionali. Tale attuazione richiede l’impostazione di commutatori configurabili fisici arbitrari (dinamicamente inerti) e la selezione di veicoli simbolici fisici in un sistema simbolico materiale.

Tranne che negli stati patologici, le attività della vita sono quasi sempre dirette verso l’obiettivo formale del successo biochimico. Ciò include la PI che decreta l’apoptosi per il bene più grande dell’organismo.

L’unico sistema che sembra sprecare deliberatamente energia, esplorando la casualità, è il sistema immunitario. Per prepararsi all’esposizione a una varietà indefinita di possibili antigeni, il sistema immunitario deve essere pronto ad affrontare ogni possibile nuova combinazione di invasioni virali, batteriche, micotiche o di altri parassiti. Il sistema immunitario è peculiare nella sua continua scansione dello spazio delle sequenze genetiche potenziali e dello spazio delle fasi tridimensionale. Ogni altro sistema biologico, tuttavia, spende energia con straordinaria efficienza per raggiungere obiettivi metabolici cooperativi che sono tutt’altro che casuali. Tali propositi sono formali, non fisico-dinamici.

Che dire della generazione di nuove istruzioni genetiche? Non è forse vero che è la duplicazione, unita alla variazione casuale, l’origine di tutta la nuova informazione prescrittiva (PI) genetica? La risposta è: “NO!” In primo luogo, non vi è nessuna nuova informazione nella duplicazione, nemmeno quando si confonda l’incertezza di Shannon con l’“informazione”. In secondo luogo, nessuno ha mai osservato la generazione, da parte di una variazione casuale, di informazione prescrittiva (PI) non banale, in grado cioè di generare o controllare una nuova funzione sofisticata.

Ogni presunto sostegno sperimentale è banale. Gli esempi non banali sono sempre teorici, mai empirici o finanche razionali. Il contrasto tra banale e non banale, ovviamente, passa attraverso sfumature di grigio piuttosto che apparire come una dicotomia bianco/nero. Il problema della banalità non può essere risolto appellandosi all’insormontabilità statistica o addirittura alla metrica di plausibilità universale (Universal Plausibility Metric, UPM) e al principio di plausibilità universale (Universal Plausibility Principle, UPP) [175,176]. È più una questione di misura organizzativa formale, che al momento non è quantificabile. Il punto più vicino cui potremmo giungere potrebbe essere quello di misurare il numero di “fits” (bit funzionali) necessari per fornire le istruzioni o per stabilire l’organizzazione di una macchina molecolare in grado di svolgere una data funzione in un determinato luogo e tempo [119-121]. L’unico motivo per escludere dalla discussione la funzione “non banale” è di impedire ai cinici di indicare qualche “funzione” accidentale ridicolmente trascurabile come presunta falsificazione del principio più ampio.

La metrica di plausibilità universale [175,176], calcolata relativamente alla generazione casuale anche di un segmento del genoma del Mycoplasma, fornisce in maniera convincente valori di ξ < 1. Alla luce di queste misure, il principio di plausibilità universale [175,176] implica la definitiva falsificazione scientifica dell’ipotesi casuale [140,177], vale a dire dell’ipotesi che il genoma del Mycoplasma sia stato generato da duplicazione, più variazione casuale.Perfino considerando una generazione della durata di 20 minuti, il tasso di mutazione, insieme alla bassa percentuale di mutazioni potenzialmente benefiche, non fornisce un grado di possibilità sufficiente a far sì che la variazione casuale delle duplicazioni abbia potuto determinare tali sofisticate istruzioni genetiche e genomiche. Questo è vero perfino in uno spazio delle fasi cosmico che si estende per oltre 14,5 miliardi di anni (appena 1018 secondi, a voler abbondare).

Qualsiasi discussione sulla “duplicazione più variazione” dovrebbe sempre suscitare la domanda, “Duplicazione di cosa?”. Qual è la sorgente della PI che viene duplicata? La tesi della “duplicazione più variazione” semplicemente presuppone, piuttosto che spiegare, l’origine di qualsiasi PI che potrebbe essere duplicata. La domanda è: “Da dove, prima di tutto, proviene una qualche PI?”.

Contrariamente a quanto ritiene l’opinione pubblica, le mutazioni casuali non sono il modus operandi della genetica, della genomica o dell’epigenomica. La vita impiega estesi meccanismi di prevenzione e di correzione degli errori per proteggere l’integrità della PI esistente da  variazioni casuali (degradazione da rumore della PI precedentemente programmata). A dispetto dell’attuale solco consuetudinario del paradigma kuhniano, la vita non fa nessuno sforzo per conseguire il successo della programmazione attraverso le mutazioni. Al contrario, i genomi contengono una gran quantità di informazione, codificata e duplicata in maniera ridondante, proprio per proteggerli dalle mutazioni. Quasi ogni giorno la letteratura mostra come questa ridondanza sia dotata di scopo, non il risultato di rumore accumulato come si riteneva originariamente. Esiste una schiacciante evidenza empirica che nemmeno la vita manifesti alcuna deroga al normale degrado dell’integrità informativa, come descritto dalla Legge OCD (Law of Organizational and Cybernetic Decline,  legge del degrado organizzativo e cibernetico) [84].

 

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10/5/2013 11:36 AM
 
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9. La legge del deterioramento/degrado organizzativo e cibernetico (legge OCD)

La legge OCD [84] stabilisce che, in assenza dell’intervento di un’agenzia formale, ogni organizzazione non banale e ogni funzione cibernetica/computazionale sostanziata nel dominio fisico (per esempio i circuiti integrati; il successo computazionale programmato, le opere architettoniche e altri risultati ingegneristici) sono invariabilmente destinate, col tempo, a deteriorarsi e infine a smettere di funzionare. Questo deterioramento può anche non essere ininterrotto; sarà però senz’altro continuo (“spento” e “acceso”, mostrando una complessiva regolarità nel peggiorare col tempo). Computer, robot, tutte le forme di intelligenza artificiale, la vita artificiale e perfino la vita cellulare sono soggetti alla legge OCD. Ogni messaggio sostanziato in un sistema simbolico materiale o in impulsi elettronici procederà inesorabilmente verso l’ingarbugliamento, la disfunzionalità e il fallimento.

La legge OCD [84] non deve essere confusa con la Seconda Legge della Termodinamica. La legge OCD non riguarda l’entropia della meccanica statistica, o l’“entropia”, o l’“entropia mutua” dell’incertezza probabilistica combinatoria di Shannon. Lo scambio di calore, la dissipazione del calore, i cambiamenti di fase, l’ordine e il disordine non sono in discussione. La legge OCD riguarda solol’organizzazione e le utilità formali già implementate in supporti e ambienti fisici. Solo la contingenza di scelta intenzionale in corrispondenza degli effettivi nodi decisionali  può salvare dal deterioramento finale l’organizzazione e la funzione precedentemente programmate nella dimensione fisica.

La Seconda Legge della Termodinamica funziona solo sulla massa/energia in cui le istruzioni formali sono state materializzate (registrate). Quando i token fisici, i commutatori configurabili e i circuiti si deteriorano per effetto della Seconda Legge, la PI formale sostanziata in questi mezzi di comunicazione tende a perdere la sua affidabilità in termini di archiviazione fisica. La Seconda Legge, tuttavia, non ha alcun effetto diretto su quegli stessi formalismi non fisici che erano stati così materializzati – ne viene interessato solo il mezzo fisico di archiviazione. Ciò conduce, a sua volta, al degrado della funzione cibernetica realizzata.

Il principio di organizzazione (O) [84], strettamente connesso a quanto appena detto, afferma che un’organizzazione formale non banale può essere prodotta solo da causazione e controllo basati sulla contingenza di scelta (Choice-Contingent Causation and Control, CCCC). ([84], Sez. 9).

 

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10/5/2013 11:37 AM
 
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10. Causazione e controllo basati sulla contingenza di scelta (CCCC)

La CCCC è un formalismo basato sulla teoria delle decisioni che definisce come ottenere funzione e organizzazione potenziale, ed è l’unica causa nota in grado di produrre funzione e organizzazione non banali. In nessun caso la CCCC può essere spiegata o prodotta mediante il caso e/o la necessità. Essa è l’essenza stessa di ogni formalismo: l’evoluzione non può produrla o spiegarla. L’evoluzione non ha finalità, e non può fare scelte di programmazione a livello genetico molecolare (il principio di selezione genetica (GS); vedere alla Sezione 12) [178,179]. La selezione naturale può unicamente favorire i migliori fenotipi tra quelli già “calcolati”, già viventi. La vita è controllata, non semplicemente vincolata in senso fisico-dinamico, da scelte pragmatiche che mirano alla funzione formale. Né la fisico-dinamica né l’evoluzione possono fare tali scelte di programmazione in corrispondenza delle porte logiche e dei commutatori configurabili della vita.

Come si insegnava decenni fa, e ancora si dovrebbe, “La vita non è ‘un sacchetto di enzimi’.” La vita è una sinfonia di algoritmi genetici altamente ottimizzati e coordinati. Il metabolismo e l’omeostasi fuori dall’equilibrio sono impossibili da ottenere senza ottimizzazione algoritmica collettiva e cooperativa [88]. L’ottimizzazione algoritmica è un obiettivo formale; non può essere conseguita tramite il determinismo di causa-effetto. Il determinismo di causa-effetto della fisico-dinamica non è l’unica forma di causazione. La programmazione della PI e il successo computazionale per cui essa determina le istruzioni possono essere ottenuti solo tramite CCCC [84,85,107,180]. La CCCC è in definitiva di gran lunga più importante per qualsiasi sistema formale noto; essa dirige gli eventi verso i risultati pratici che vengono valutati dagli agenti. La CCCC è una vera causa primaria che porta a effetti molto reali, in particolare all’effetto di un lavoro utile invece di un mero vincolo fisico-dinamico. Essa è in grado di generare livelli straordinari di funzionalità peculiari che non sono mai state osservate come conseguenza della casualità o della necessità definita dalla legge. Né la fisico-dinamica né l’evoluzione possono prefiggersi l’utilità potenziale (come per esempio la programmazione del successo computazionale prima della sua realizzazione). La CCCC lo fa: essa è l’unica causa conosciuta, l’unico timoniere dei formalismi.

 

11.  La vita organizza i suoi componenti in sistemi funzionali stabili (SFS)

In primo luogo, dobbiamo chiarire ciò che è veramente un “sistema”. Un “sistema” è un’organizzazione concettuale, astratta, generata da contingenze di scelta, non dal caso o dalla necessità, che tipicamente genera processi o procedure formali aventi risultati pragmatici [82,83,88]. Un “sistema meteorologico” non è un vero e proprio sistema. Si tratta semplicemente di un’interfaccia fisico-dinamica di vento, temperatura e differenziale di pressione atmosferica. Un fronte meteorologico può comportare cambiamenti di fase e manifestare auto-ordinamento (per esempio un uragano); ma non è organizzato. Non manifesta alcuna contingenza di scelta, nessun obiettivo o scopo, nessuna realizzazione di funzioni o di utilità. I fronti meteo non hanno componenti formali, né risultati computazionali, né ottimizzazione algoritmica, e nemmeno alcuno scopo intenzionale.

Neanche i più semplici sistemi funzionali stabili (Sustained Functional Systems, SFS) [82,84,88] (per esempio il primo motore termico non banale) possono essere organizzati senza il controllo del diavoletto di Maxwell (un agente) che sceglie volontariamente quando aprire e chiudere lo sportellino tra i compartimenti [88]. La natura inanimata produrrà ciecamente l’equilibrio (mediante leggi fisse, inviolabili) tutte le volte, piuttosto che la separazione e la compartimentazione delle particelle di gas inerte più veloci da quelle più lente. Non può essere creato alcun potenziale energetico da un gas inerte, in assenza delle scelte intenzionali del diavoletto. Le decisioni del diavoletto allo sportello sono puramente formali e non fisiche. Esse non sono soggette alla Seconda Legge della Termodinamica: solo il movimento di apertura e chiusura fisica della porticina lo è. Per questo, è necessario che dell’energia utilizzabile come lavoro venga generata, impiegata, accumulata e richiamata all’occorrenza per muovere lo sportello. Dei meccanismi formali devono essere organizzati e ottimizzati algoritmicamente per ottenere il pagamento del prezzo energetico dell’apertura e chiusura della porticina.

La capacità del diavoletto di Maxwell di generare un motore termico da molecole di gas inerte è fondamentale per la discussione sulla vita. Un siffatto motore termico non può essere attribuito a  fenomeni fisico-chimici di causa-effetto come reazioni, interazioni o cambiamenti di fase. I gas ideali non sono reattivi. In questo modello la questione riguarda esclusivamente la termodinamica. La Seconda Legge può essere temporaneamente e localmente aggirata solo attraverso causazione (meccanismi  di attuazione) e controllo per contingenza di scelta (CCCC) operanti sullo sportello [1,2], non mediante il caso e la necessità della fisico-dinamica. Lo stesso vale per il metabolismo e la vita. Sono i controlli, non i vincoli, a rendere possibile la vita. Sebbene la vita usi reazioni chimiche piuttosto che molecole di gas inerte, deve pur sempre dirigere algoritmicamente molte migliaia di eventi fuori dall’equilibrio per organizzare formalmente gli “organismi” viventi.

Qualcuno ha affermato che è necessario più lavoro per far funzionare la porticina di quanto se ne ottenga mediante il suo funzionamento. Questo può essere vero per un dato ciclo individuale di lavoro; tuttavia, mediante un’accorta programmazione del funzionamento dello sportello, è possibile conquistare la sinergia degli effetti di separazione delle particelle calde e fredde. I formalismi sono sempre stati la chiave dell’elusione temporanea e locale della Seconda Legge. Modalità più efficienti di utilizzo formale dell’energia immagazzinata possono rendere efficace il funzionamento dello sportello originale. La generazione del lavoro utile per attivare fisicamente lo sportello, tuttavia, richiede l’attenta gestione di sportelli ancora più formalmente controllati (porte logiche e commutatori configurabili in dispositivi e macchine aggiuntive). La vita fabbrica e impiega proprio simili macchine molecolari e sofisticati nanocomputer [108].

 

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10/5/2013 11:38 AM
 
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12. La vita è governata dal principio di selezione genetica (GS)

Il principio GS [92,178] afferma che la selezione deve avvenire a livello molecolare/genetico, non tanto a livello fenotipico/organismico del più adatto, per produrre e spiegare la vita. In altri termini, la selezione per la bio-funzionepotenziale deve verificarsi in concomitanza con la formazione dei legami rigidi 3′ 5′ fosfodiesterici nelle sequenze di DNA e RNA. È questo il punto in cui la sintassi polinucleotidica digitale lineare funzionale si trasforma in istruzioni. La selezione di ciascun nucleotide da uno spazio delle fasi di quattro opzioni costituisce l’impostazione di un commutatore configurabile quaternario (a quattro vie). L’impostazione specifica di questi commutatori nella struttura primaria degli acidi nucleici (sequenza monomerica) determina il modo in cui le catene di biopolimeri tradotti si ripiegheranno in macchine molecolari tridimensionali.

La selezione naturale non è in grado di agire a livello genetico. La pressione di selezione favorisce solo la bio-funzione esistente. Perfino nel caso di funzione già esistente, la selezione naturale non sa distinguere tra funzione isolata e non-funzione. All’ambiente inanimato non potrebbe importare di meno che qualcosa funzioni o meno. L’ambiente non ha preferenze, valori, obiettivi o desideri. La natura inanimata è cieca e indifferente all’utilità. Ciò è ancora più vero per quanto riguarda l’utilità potenziale. L’utilità può essere definita, apprezzata e ricercata solo formalmente, non fisico-dinamicamente. La pragmatica richiede una dimensione in più rispetto alle quattro dimensioni del caso e della necessità [42,105,107,156].

Solo gli organismi fenotipici già viventi più adatti sono secondariamente “selezionati” dall’ambiente, non la programmazione concettuale astratta relativamente ai nodi decisionali, le porte logiche e l’impostazione dei commutatori configurabili.

La selezione naturale non è altro che la sopravvivenza differenziale e la riproduzione differenziale degli organismi già viventi di maggior successo.Perché un organismo sia vivo, è necessario prima di tutto che esso abbia centinaia o migliaia di vie biochimiche e cicli già integrati in schemi metabolici olistici, cooperativi, organizzati. Pochi fenomeni sono più mirati e finalizzati del metabolismo. La sopravvivenza differenziale delle specie più adatte non offre alcun modello di meccanismo per la generazione della programmazione cibernetica delle istruzioni lineari digitali genetiche. I bio-messaggi forniscono le istruzioni digitali lineari per determinare le strutture cellulari, il trasporto specifico e la catalisi. Eppure il DNA è ampiamente inerte dal punto di vista fisico-chimico. La selezione naturale non può favorire le funzioni non realizzate, non-ancora-esistenti rappresentate nella sintassi del DNA.

 

13. La vita è organizzata, non auto-ordinata

I fenomeni di auto-ordinamento non sono esempi di auto-organizzazione: essi sono semplici, ridondanti e a basso contenuto informativo [42,106,107]. Le strutture auto-ordinate, siano esse stabili (per esempio i cristalli) o dissipative (come nel caso della teoria del caos studiata per la prima volta da Prigogine) non contengono alcuna organizzazione.

Eventi di auto-ordinamento si verificano spontaneamente in ogni istante. Ma non coinvolgono nodi decisionali o impostazioni di commutatori configurabili dinamicamente inerti, finalizzati a uno scopo. Non vi è bisogno di programmare nessuna porta logica nei fenomeni di auto-ordinamento. Gli eventi di auto-ordinamento non implicano alcuna guida verso il successo algoritmico o l’“arresto computazionale”. I fenomeni di auto-ordinamento sono puramente fisico-dinamici e incapaci di sforzi organizzativi. Le leggi e i frattali sono algoritmi di minima complessità e minima informazione. La fisico-dinamica inanimata non può compiere scelte intenzionali o perseguire funzioni potenziali. Nessun modello di evoluzione non guidata si prefigge l’obiettivo dell’utilità futura.

L’ordine non può eseguire calcoli. Molta letteratura sull’origine della vita fa appello a “leggi di auto-organizzazione ancora da scoprire”. Le leggi, tuttavia, descrivono un comportamento altamente ordinato/strutturato. Poiché esse sono algoritmi parsimoniosi di compressione dei dati, contengono pochissima informazione. Dato l’elevato contenuto informativo della vita, l’attesa di una nuova legge che spieghi la sofisticata programmazione algoritmica genetica è infondata. Gran parte della letteratura peer-reviewed pubblicata è errata a causa del mancato riconoscimento del fatto che la “complessità della vita” non potrebbe mai sorgere da una simile strutturazione fisico-dinamica, che è altamente “ordinata” e a basso contenuto informativo. È richiesta un’enorme incertezza combinatoria per archiviare una PI tanto raffinata. La complessità della vita non potrà mai essere spiegata mediante il comportamento altamente ordinato che è riducibile alle leggi a basso contenuto informativo della fisica e della chimica.

Un cristallo è altamente ordinato. La sua descrizione può essere facilmente compressa per via algoritmica. Un cristallo è, all’incirca, quanto di più lontano dall’essere “vivo” ci possa essere tra tutti gli stati fisici che si vogliano indicare. Ogni elemento di una sequenza di trecento monomeri di adenosina (un omopolimero) può essere specificamente elencato affermando: “Sia dato un insieme di molecole di adenosina; si colleghi ripetutamente ognuna di queste ad un’altra per trecento volte”. Questo è ciò che si definisce un algoritmo di compressione. La semplicità e brevità di questo algoritmo di compressione è un’indicazione di quanto tremendamente basse siano la complessità e l’incertezza di tale polimero. Una tale parsimoniosa definizione dell’intera sequenza è possibile unicamente perché quella sequenza è tanto altamente strutturata. Una sequenza tanto ampiamente ordinata è priva di incertezza, di complessità e della capacità di realizzare PI. Un algoritmo di compressione così parsimonioso è in grado di elencare ogni elemento della sequenza di trecento monomeri in sole quattordici parole. Questo dato di fatto definisce l’alto ordine ovvero la struttura, insieme al basso potenziale di conservazione dell’informazione.

I presunti fenomeni di auto-organizzazione spontanea di ipercicli sempre più efficienti [181-185] e di auto-assemblaggio stechiometrico [186], insieme agli ipotetici chemotoni di Ganti [187], non sono mai stati osservati, men che mai ripetutamente osservati.

Non è mai stata verificata alcuna previsione.

L’“auto-organizzazione” non indica alcun meccanismo e non ha alcun potere esplicativo dettagliato che sia verificabile. L’ipotesi delle capacità sempre crescenti dei chemotoni non è nemmeno falsificabile. Né l’assenza di prove, né l’osservazione ripetuta della mancata attivazione degli ipercicli sono in grado di fornire falsificazione. Perciò il concetto si trova convenientemente e indefinitamente al riparo da qualsiasi contraddittorio scientifico. Deve essere accettato unicamente per fede cieca. Ogni scienziato che osi alzare il sopracciglio per sano scetticismo scientifico viene immediatamente etichettato come eretico dalla gerarchia dal presunto imperativo di naturalismo metafisico che è proprio dello scientismo.

La pura e semplice presenza di struttura, giustapposta al caos molecolare tipico dell’agitazione termica, ci dice ben poco sulla funzione e l’utilità. Molte strutture rigide stabili non presentano alcuna funzione. Nella teoria del caos, le fiamme di candela e i tornado mostrano una struttura apparentemente stabile costituita da una serie ininterrotta di stati dissipativi auto-ordinati momentanei. Né l’uno né l’altro tipo di struttura calcola o ottimizza alcuna funzione algoritmica. Nessuna delle “strutture dissipative” di Prigogine genera un sistema funzionale stabile (SFS) [88]. È per un buon motivo che Prigogine le definì “dissipative”. Indipendentemente da quanto a lungo le strutture dissipative durano, di certo non producono alcuna funzione sofisticata; i sistemi funzionali stabili (SFS) lo fanno.

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10/5/2013 11:39 AM
 
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14. In nessun caso il caos può produrre l’ultra-organizzazione della vita

La definizione esatta di caos è “uno stato delimitato di disorganizzazione che è estremamente sensibile agli effetti delle condizioni iniziali”. La disorganizzazione non può produrre organizzazione.
Si noti che il caos è uno stato disorganizzato della materia, non uno stato disordinatodella materia. Una considerevole quantità di ordine può nascere spontaneamente dal caos. Questo è ciò di cui tratta la teoria del caos. Per osservare un fenomeno di auto-ordinamento spontaneo non dobbiamo far altro che togliere il tappo dallo scarico della nostra vasca da bagno. Le molecole d’acqua si auto-ordinano rapidamente in un mulinello – un vortice – generato da una causa  complessa interamente fisico-dinamica. Definiamo erroneamente questo auto-ordinamento “auto-organizzazione”, ma il vortice non è, nel modo più assoluto, organizzato. È soltanto auto-ordinato [107]. Qual è la differenza? Non è richiesto nessun nodo decisionale per far sì che il mulinello in una vasca da bagno si auto-ordini a partire dal moto browniano, che è evidentemente casuale. Non sono necessarie scelte di programmazione efficienti perché l’agitazione termica delle molecole di acqua si auto-ordini in un vortice. Nessuna serie di commutatori configurabili deve essere intenzionalmente impostata, e ciascuno di essi impostato in un determinato modo, per conseguire l’auto-ordinamento. Non vi è coinvolto nessun tentativo di pervenire a un obiettivo. Non è richiesta alcuna ottimizzazione algoritmica. Inoltre, le strutture dissipative di Prigogine non FANNO nulla di formalmente produttivo. Non possiedono alcuna capacità di raggiungere il successo computazionale. Non costruiscono sofisticati sistemi funzionali stabili (SFS) [88].

Le strutture dissipative sono momentanee. Sono solo apparentemente stabili (per esempio, una fiamma di candela) a causa del fatto che osserviamo nel tempo una lunga serie di strutture dissipative o eventi dissipativi momentanei. Il loro nome deriva da questo. Non possono generare una macchina funzionale stabile o un sistema con funzionalità ottimizzata.

Né il caos né il margine del caos possono produrre:

(1)   calcoli algebrici;

(2)   algoritmi;

(3)   programmi che raggiungono il successo computazionale;

(4)   organizzatori della funzione formale;

(5)   sistemi in senso proprio.

Il caos è in grado di produrre comportamenti fisico-dinamici incredibilmente complessi. Non dobbiamo però mai confondere tale complessità con la funzione formale. L’ordine appare spontaneamente dal disordine in completa assenza di qualsiasi input creativo formale o governo cibernetico. Ma nessuna organizzazione algoritmica viene prodotta da una fiamma di candela. Ciò che sembra essere un ambiente del tutto casuale è in realtà un calderone di interazioni complesse tra molteplici campi di forza. La complessità delle cause interagenti può creare l’illusione di casualità, o di vero e proprio auto-ordinamento. Potrebbero anche esistere cause fisiche oggi non ancora scoperte. Tuttavia, le strutture dissipative si auto-ordinano, NON si auto-organizzano. Le strutture dissipative della teoria del caos sono prive di immaginazione. Strutture altamente ordinate contengono pochissima informazione. L’immagazzinamento dell’informazione su qualsiasi supporto fisico richiede la libertà di scelta riguardo alle impostazioni dei commutatori configurabili. I commutatori devono essere “dinamicamente inerti” rispetto alla loro funzione per essere usati come porte logiche.

Le strutture dissipative della teoria del caos sono:

(1)   altamente ordinate;

(2)   monotone;

(3)   prevedibili;

(4)   regolari (vortici, dune di sabbia);

(5)   a basso contenuto informativo;

(6)   sequenze di stati momentanei.

Le strutture dissipative sono generalmente distruttive, non ciberneticamente costruttive (per esempio i tornado e gli uragani). Cercare di utilizzare il “caos” e la “complessità” per proporre dei meccanismi di “auto-organizzazione” è come cercare di usare la tecnica di trasmissione di Shannon per spiegare l’informazione intuitiva, il significato e la funzione.

Le equazioni di Shannon definiscono l’ “incertezza” negativa, non la “sorpresa” positiva. La “sorpresa” funzionale richiede l’acquisizione di specifiche informazioni semantiche positive. Proprio come non è possibile spiegare e misurare l’ “informazione intuitiva” usando l’incertezza combinatoria di Shannon, non possiamo spiegare un sistema veramente organizzato facendo appello a nient’altro che un mistico “margine del caos”. L’incertezza ridotta (“mutua entropia”) della teoria di Shannon si avvicina maggiormente all’informazione semantica. Per raggiungere questo obiettivo, tuttavia, dobbiamo unire gli elementi formali della conoscenza umana acquisiti mediante la sottrazione matematica del “dopo l’incertezza” da “prima dell’incertezza”. Misuriamo l’incertezza ridotta della nostra conoscenza. Le conoscenze preliminari di base e l’elaborazione mediante agenti (agent processing)di quella conoscenza sono già in gioco. A quel punto, non stiamo più parlando di informazione oggettiva in natura. Stiamo solo parlando di epistemologia umana.

La coscienza umana è estremamente soggettiva. Nell’istante in cui ci ostiniamo a definire l’informazione esclusivamente in termini di osservatori e destinatari di conoscenza umani, abbiamo distrutto ogni speranza di chiarire l’origine dell’informazione oggettiva nella storia evolutiva, soprattutto a livello intra-cellulare o di protobionte.

La disorganizzazione del caos è caratterizzata da incertezza e confusione concettuali. La disorganizzazione manca di guida e controllo sofisticati; non persegue alcuno scopo. Perfino se il caos avesse uno scopo, sarebbe privo dei mezzi per realizzarlo. Se il caos è, per definizione, uno stato delimitato di disorganizzazione, come potremmo mai attribuirgli auto-organizzazione? Non esiste nessuna base scientifica per conferire capacità formali al caos, alla complessità o alle catastrofi. Non è stata mai osservata la produzione di integrazione formale e di organizzazione algoritmica di alcun tipo da parte di nessuna di queste tre cose.

Gli scienziati ottengono risultati impressionanti mediante la scienza applicata della “dinamica non lineare”. Ma la funzionalità di questa scienza applicata viene confusa fin troppo facilmente con una potenzialità dello stesso caos. Il caos non genera nulla di simile alla funzione formale. Trascuriamo il notevole grado di “coinvolgimento dell’investigatore” e di pilotaggio artificiale che entra negli esperimenti di dinamica non lineare. La matematica formale viene invariabilmente usata da agenti per raggiungere un certo obiettivo.

La conformazione tridimensionale delle macchine molecolari è in gran parte determinata dagli avvallamenti dei minimi dell’energia libera nel ripiegamento della struttura primaria. La struttura primaria di ogni proteina o sRNA è la sequenza, già legata in modo covalente, di particolari monomeri che fungono da impostazioni dei commutatori configurabili.

 

10/5/2013 11:40 AM
 
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15. La vita realizza lavoro intuitivo (funzionale), non solo la definizione fisica di lavoro

La definizione di “lavoro” data dalla fisica non ha mai reso giustizia al significato intuitivo di “lavoro”.
Il senso ordinario di “lavoro” presuppone l’espletamento di una qualche funzione formale richiesta, o il soddisfacimento di qualche necessità percepita come utile. La naturalizzazione (materializzazione; fisicalizzazione) della scienza, nel tentativo di evitare la superstizione e il “vitalismo”, ha promosso concetti di lavoro nel campo della fisica che sono svuotati di scopo, di funzionalità formale e di utilità. In fisica, il “lavoro” di solito si riduce a niente più che trasferimento di calore. I trasferimenti di calore si verificano ogni giorno nelle interazioni fisico-chimiche; e spesso non hanno nulla a che fare con l’utilità o con la vita.

Ogni cellula vivente è incredibilmente organizzata e orientata al compimento di lavoro utile. Un organismo vivente dà valore e persegue l’obiettivo del mantenimento in vita, del vantaggio individuale e della riproduzione. Il raggiungimento di questi scopi, tuttavia, richiede la ricerca attiva di migliaia di obiettivi formali subordinati. La cellula deve svolgere una grande varietà di operazioni molecolari, operazioni che avevano già definito il concetto di “lavoro utile” ben prima che l’Homo sapiens arrivasse sulla scena per osservarlo e rifletterci sopra.

Il metabolismo è il conglomerato più altamente integrato e olistico di funzioni formali organizzate noto alla scienza. Come ha fatto la vita a diventare così organizzata e finalizzata a partire da un ambiente prebiotico inanimato cui non poteva importare di meno della funzionalità o del lavoro utile? Il caso e la necessità non possono perseguire la funzionalità, per non parlare di un simile straordinario grado di lavoro cooperativo.

La risposta sta nel fatto che la vita è programmata formalmente per perseguire e svolgere tali funzioni. Non è solo ciecamente vincolata da un indifferente determinismo fisico-dinamico di causa-effetto. È pilotata verso l’utilità necessaria e formalmente controllata con il chiaro intento di rimanere in vita e riprodursi. Solo un imperativo filosofico puramente materialista ci impedisce di riconoscere questo fatto ovvio.

Il “lavoro utile” non banale è sempre associato con la vita. La vita è l’unico produttore noto di lavoro utile. In maniera molto più importante, tuttavia, a livello molecolare la vita stessa dipende da lavoro utile ancor più sofisticato. Essa impiega magnifiche macchine molecolari e il nano-calcolo per raggiungere i suoi obiettivi formali [108]. La vita non può essere viva o rimanere viva senza compiere del lavoro pratico. La vita è fondamentalmente formale, e solo secondariamente fisica. I “fatti della vita” oggettivi forniscono la prova della realtà e validità del principio formalismo > fisicità (Formalism > Physicality, F > P) [84].

Il principio F > P afferma che “il formalismo non solo descrive, ma precedeva, forniva le istruzioni, organizzava, e continua a governare e predire la realtà fisica”. Il principio F > P è un assioma che stabilisce il primato ontologico del formalismo nell’ambito di una presunta realtà oggettiva che trascende sia l’epistemologia umana – la nostra percezione della realtà fisica – sia la realtà fisica stessa. Il principio F > P va a braccetto con la legge dell’incompletezza fisico-dinamica [84], la quale afferma che le interazioni fisico-chimiche sono inadeguate a spiegare la natura matematica e formale delle relazioni delle leggi fisiche. La fisico-dinamica non può generare i processi e le procedure formali che portano alle funzioni non banali. Il caso, la necessità e i puri e semplici vincoli non possono governare, programmare o ottimizzare il successo algoritmico/computazionale allo scopo di fornire le utilità non banali richieste.

Un importante corollario è che la fisico-dinamica non può spiegare o generare la vita. La vita è invariabilmente cibernetica. Il principio F > P nega l’idea dell’identità tra l’informazione prescrittiva (PI) e la massa/energia; esso distingue la messa in atto delle scelte formali nella realtà fisica dalla realtà fisica stessa. L’impostazione arbitraria dei commutatori configurabili e la selezione dei simboli in qualsiasi sistema simbolico materiale (MSS) è fisico-dinamicamente indeterminato, vale a dire, è disaccoppiato dal determinismo fisico-chimico.

La scienza naturalistica tende semplicemente a presupporre metafisicamente, nelle sue varie cosmologie e cosmogonie, la disorganizzazione iniziale. La massa/energia viene concessa, ma di solito si considera che l’organizzazione formale possa nascere solo dalla coscienza umana. Se si accetta l’organizzazione in natura, essa viene confusa con l’ordine e la struttura a basso contenuto informativo, oppure si crede che essa si sia in qualche modo creata miracolosamente da sé mediante il caso e la necessità, il che è un’impossibilità logica.

In che modo si è stabilito che la realtà era inizialmente caotica, e interamente fisica? Non certo scientificamente. La presupposizione di un caos definitivo non è solo puramente metafisica; è antitetica alle ripetute osservazioni della realtà presente, e alle abbondanti verifiche di predizioni formali riguardo a un’organizzazione soggiacente. La supposizione di un caos definitivo è contraria alla logica su cui si fondano la matematica e la scienza. Esistono schiaccianti prove empiriche che la realtà non sia fondamentalmente caotica. Non soltanto le osservazioni ripetute, ma le innumerevoli previsioni verificate di interazioni fisiche basate esclusivamente su modelli matematici sono di gran lunga più indicative del fatto che la realtà fisica si sviluppa secondo l’integrazione definitiva, l’organizzazione e il controllo degli aspetti fisici che sono propri del formalismo.

 

16. Conclusioni

Qual è l’ingrediente mancante alla fisico-dinamica inanimata che rende possibile la vita? La risposta è: meccanismi di controllo formale. Questa “regolazione”, come viene spessissimo definita in letteratura, è diretta dall’informazione prescrittiva (PI) e dalla sua elaborazione algoritmica – che sono entrambi elementi prodotti in modo peculiare dalla vita. Inoltre, entrambi gli elementi sembrano essere stati di pertinenza della vita a livello subcellulare nelle sue forme più antiche e più semplici. La stessa biologia molecolare è programmata, elaborata in modo algoritmico, e intenzionalmente regolata per ottenere la bio-funzione formale, altamente integrata, che disinvoltamente chiamiamo “metabolismo” [108].

Tutti questi fenomeni sono altrettanto non-fisici e formali quanto lo è la matematica; ed esclusivi della vita. Non possiamo semplicemente depennarli con disinvoltura come filosoficamente troppo “cartesiani”. L’adesione al materialismo, che diamo per scontata, fa sì che voltiamo le spalle e facciamo orecchie da mercante a una realtà biologica sperimentale in rapido sviluppo, che pure ci strilla: “Il materialismo è morto!”. Non riusciremo mai a comprendere la vita a partire dall’imperativo puramente metafisico che “la fisico-dinamica è tutto ciò che c’è, che sempre c’è stato e che sempre ci sarà”. I filosofi della scienza professionisti rispondono giustamente: “E CHI LO DICE?” Com’è stata determinata scientificamente quella elucubrazione? Lo stesso metodo scientifico non può essere ridotto a massa ed energia; né lo possono il linguaggio, la traduzione, la codifica e la decodifica, la matematica, la logica, la programmazione, i sistemi simbolici, l’integrazione dei circuiti, il calcolo, la categorizzazione, la tabulazione dei risultati, il disegno e la discussione delle conclusioni. L’inveterata consuetudine di fisicalismo filosofico del paradigma kuhniano prevalente sta ostacolando il progresso scientifico, la biologia in particolare. Nella vita c’è ben più della chimica. Tutta la vita conosciuta è cibernetica. Il controllo è formale e fondato sulla contingenza di scelta: non è fisico-dinamico.

 

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