Il 12 marzo del 1938 le truppe tedesche invasero l’Austria e la incorporarono ufficialmente al nuovo Reich con un plebiscito tenutosi il 10 aprile. Negli anni passati la chiesa austriaca aveva costituito un sicuro baluardo contro il nazismo al punto che lo stesso Sigmund Freud aveva dichiarato all’epoca di sperare che la Chiesa Cattolica rimanesse molto forte così da poter contrastare l’influenza del nazionalsocialismo. All’epoca dell’annessione però i vescovi austriaci non diedero invece purtroppo una buona prova facendo un velocissimo voltafaccia, al punto che il 18 marzo incitarono i loro fedeli a votare favorevolmente al referendum per l’annessione. Esemplare è a tal proposito la figura del primate e arcivescovo di Vienna Theodor Innitzer che pur avendo in precedenza duramente attaccato il nazismo non esiterà dopo l’invasione a pubblicare una dichiarazione di lealtà a Hitler con il quale avrà anche un calorosissimo incontro. Vi erano state minacce da parte nazista per tentare di influenzare l’atteggiamento ecclesiastico, ma vi erano anche dei prelati che erano di per sé favorevoli all’annessione.
Tuttavia, è importante sottolineare che la gerarchia austriaca agì senza interpellare il Vaticano e la sua azione irritò non poco Pio XI da tempo in rotta di collisione con il Terzo Reich. Che il papa disapprovasse l’annessione è dimostrato dal fatto che il pontefice fece convocare a Roma il cardinale Innitzer e lo obbligò a firmare una dichiarazione pubblica che sconfessava la precedente dichiarazione dei vescovi a votare “si” all’unione con la Germania (anche se ciò non impedì che il plebiscito si concludesse con un risultato ampiamente favorevole ai nazisti). La Santa Sede aveva infatti il timore che i provvedimenti anticristiani già adottati in Germania avrebbero potuto estendersi anche all’Austria e le sue paure si riveleranno fondate: i nazisti provvidero a chiudere monasteri, a sopprimere associazioni e scuole cattoliche e ad eliminare il concordato vigente in Austria dal 1934 (rifiutandosi peraltro di estendere il Reichkonkordat ai nuovi territori).
La situazione arrivò al punto che lo stesso Innitzer terrà il 6 ottobre 1938 un discorso nella sua cattedrale per cercare di galvanizzare il senso di appartenenza dei cattolici austriaci, appellandosi alla loro identità confessionale contro i nazionalsocialismi: «Avete perduto quasi tutto nell’ultimo mese. Avete perduto i vostri circoli cattolici e le vostre unioni cristiane. Ma ad onta di tutto ciò vi unirete ai vostri preti con nuove unioni». La reazione nazista non si fece attendere: pochi giorni dopo una folla inferocita invase e devastò l’arcivescovado e aggredì alcuni ecclesiastici tra cui lo stesso Innitzer che venne brutalmente percosso. In seguito a ciò Pio XI ordinerà di far «sapere al mondo che anche l’arcivescovo di Vienna è ormai contro il nazismo» e commenterà sul vescovo: «Questo cardinale è stato sempre ripetutamente infelice! Prima Heil Hitler, e poi….» (cfr E. Fattorini, Pio XI, Hitler e Mussolini. La solitudine di un papa, Trento 2007 pp. 156-158).
Achille Ratti fu inoltre una delle poche persone che all’epoca non si lasciarono sedurredall’accordo stipulato nel 1938 a Monaco. Il papa disse in quel periodo a monsignor Domenico Tardini «di non approvare che a Monaco si siano decise le sorti della Cecoslovacchia senza che i rappresentati di questa abbiano preso parte al convegno, come i quattro capi» e rimprovererà personalmente Neville Chamberlain, venuto a trovarlo il 13 gennaio 1939, di aver «fatto a Hitler un piedistallo d’oro!». Pio XI, pur avendo rifiutato le richieste di esprimere un appello pubblico alla pace perché lo considerava non a torto inutile («una minestra riscaldata» come lo definì a Tardini), in quel periodo venneattaccato dalla propaganda nazista che lo accusò di essersi schierato a favore delle potenze dominate dal capitalismo giudaico-massonico, ma per il suo atteggiamento contrario all’accordo Achille Ratti riceverà invece ringraziamenti da parte di chi all’epoca non si unì al coro di lodi per lo smembramento della Cecoslovacchia: George Bidaultscriverà il 3 settembre 1938 su “L’Aube” che «In tutta questa tristezza che ci sommerge, in quella abdicazione delle democrazie una volta così fiere, una sola grande forza ci porta fierezza e conforto. È la voce del grande papa Pio XI, sola voce intrepida, tra tante defezioni»; invece il cardinale di Praga Walter Kasper ricorderà a Pacelli che «Sua Santità, il beatissimo padre Pio XI è stato l’unico che in quei gravissimi giorni si è degnato di proteggerci» e anche l’ex presidente della Cecoslovacchia Edvard Benês, rifugiatosi a Londra, scriverà nel 1943 alla Santa Sede «Io non posso dimenticare l’atteggiamento estremamente solidale di sua Santità Pio XI verso la Cecoslovacchia durante la crisi del 1938 ed il messaggio inviatomi nel momento più critico della mia nazione» (Pio XI, Hitler e Mussolini pp. 192-199).
Il pontefice morì il 10 febbraio del 1939 e qualche mese dopo scoppiò il secondo conflitto mondiale. A quel punto tutti compresero il carattere fortemente aggressivo della politica hitleriana, ma già prima di allora vi era già stato un pontefice che aveva cercato di contrastare l’espansionismo nazista.